Основные положения с помощью которых ниндзя создавали картину реальности, сформулированы в их учении о КИ-АЙ («ки» - сила, «ай» - гармония). Само название системы говорит о тех целях, которые ставились в ходе постижения мистического учения - прийти к гармонии с силами Вселенной, осознав себя ее составляющей частью. У истоков формирования учения о ки-ай находились ямабуси, которые, модернизировав концепции тибетского тантрического буддизма и китайского учения о Дао (Путь), явились основателями сюгэндо. Весомый вклад в разработку основополагающих принципов системы внесли воины-аскеты (сенин), жившие на полуострове Кии. После того как общины ниндзя обособились от «горных воинов», положения сюгэндо легли в основу мистического учения нин-дзютсу.

Согласно теории ки-ай, все многообразие Вселенной обусловлено существованием и взаимодействием пяти первоэлементов-стихий (яп. Годай): Земли (яп. Ти), Воды (Суй), Огня (Ка), Воздуха (Фу) и Пустоты (Ку). Свойства всех вещей и событий определяются количественным содержанием в них первоэлементов.

Мироздание устроено так: в основе всего лежит первооснова - всеобъемлющая Пустота, в которой проявляются остальные четыре первоэлемента. Полярность пространства приводит к возникновению взаимодействия частиц Космоса, сходного с электромагнитными процессами. В результате образуются атомы, составляющие молекулы газа - Воздуха. Из газообразного состояния материя переходит в следующее состояние - Огня. Далее Огонь перерождается в Воду, а Вода - в Землю. Данная последовательность превращения первоэлементов показывает, как происходит понижение энергетических уровней состояния материи. Таким образом, первостихия Земля является низшим уровнем энергетического состояния.

Взаимодействие первоэлементов рождает бесчисленное множество явлений окружающего мира. Само понятие «первоэлемент» - условное, говорящее о наличии определенных физических свойств.

Так, элемент Воздух обладает подвижностью, легкостью. Огонь - это энергетичность, агрессивность. Вода -текучесть, изменчивость. Земля - устойчивость, твердость.

Более сложным и объемным является понятие Пустоты. Она представляется как непознаваемая основа, «колыбель» всего сущего, условно говоря, бесформенность, безграничность, вездесущность, т.е. присутствие во всем. Ощутить Пустоту можно лишь в форме ее проявлений -первоэлементов. Пустота -это отсутствие всего, даже мысль о Пустоте свидетельствует о нарушении бесформенности, т.к. мысль уже является формой.

К вопросу познания человеческой природы в сюгэндо подходили с точки зрения единства макро- и микрокосма. Человек представлялся точной копией огромного Космоса, только в миниатюре. Принципы их устройства и функционирования считались одинаковыми. Вследствие этого человеческое тело, его реакции и способности также «раскладывали» на составляющие - первоэлементы. Плоть представлялась Землей, внутренние жидкости - Водой, тепло, выделяемое телом, - Огнем, дыхание - Воздухом, мыслительный процесс, речь - Пустотой. Свойства, присущие первоэлементам, определяли принципы жизнедеятельности организма, типы психологического реагирования.

Исходя из энергетической сущности Вселенной, буддисты-тантрики считают, что в теле человека находится семь энергетических центров (чакр) и сеть энергетических каналов - меридианов, по которым циркулирует космическая энергия, воспринимаемая чакрами. С помощью чакр, соответствующих определенным физиологическим и нервным центрам, тело биоэнергетически взаимодействует со свободной космической энергией. Возбуждая (открывая) ту или иную чакру, можно усилить приток энергии в тот или иной нервный центр. Таким образом, ниндзя достигали определенных физических и духовных состояний.

Энергетическому центру соответствует определенный первоэлемент с присущими ему свойствами.

Копчиковая чакра, Муладхара (первоэлемент Земля), находится в основании позвоночного столба. Она является базовым центром приема и хранения космической энергии.

Некоторая часть этой энергии через нервные окончания копчика передается всему организму для поддержания жизнедеятельности. Другая часть воспринимаемой энергии может быть направлена в более высокие чакры, в результате чего они «пробуждаются», изменяя состояние адепта. Усиление деятельности этой чакры приводит к приобретению человеком свойств Земли: стабильности, уверенности, отличного здоровья.

"Крестцовая чакра, Свадхистхана (первоэлемент Вода), находится примерно на 3 см ниже пупка. Она связана с мочеполовой системой и подсознанием. Если она активизируется, то может передавать большое количество космической энергии телу, увеличивая его физические кондиции. При этом повышается тонус сексуальных ощущений. Телесные свойства человека становятся, подобно Воде, податливыми и изменчивыми, улучшается приспособляемость.

Пупковая чакра, Манипура (первоэлемент Огонь), находится на уровне пупка. Ее биоэнергетическое воздействие выражается в эмоциональности, спон-1 тайных действиях. Человек, приобретая качества Огня, становится более агрессивным, резким. Общее возбуждение приводит к усилению физического потенциала, увеличению скорости реагирования на уровне подсознания.

Четвертая, сердечная чакра, Аннахата (элемент! Воздух), расположена в центре груди и соответствует сердечному нервному сплетению, регулируя деятельность системы кровообращения. При ее пробуждений  происходит расширение возможностей сознания, появляются способности ясновидения, т.е. объективного восприятия аспектов бытия.

Находясь под влиянием Воздуха, человек расширяет свои способности к предугадыванию событий, размышлению, ярче проявляется его социальная природа.

Горловая чакра, Вишудха (элемент Пустота), относится к «высшим» чакрам. Она находится в районе щитовидной железы и связана с продолговатым мозгом, контролируя дыхательную систему организма. Действие этого центра проявляется в управлении интонацией голоса. Так как Пустота может выражаться в четырех первоэлементах, то и оттенки голоса приобретают их свойства. Земля - твердый, уверенный голос, Вода - мягкий и сильный, Огонь - резкий и возбужденный, Воздух - высокий и жизнерадостный. Если же голос не совпадает с внутренним состоянием человека, то у слушателя появляется ощущение фальши и несоответствия.

Лобная чакра, Аджна, не связана с каким-либо первоэлементом, она регулирует духовное состояние человека. Дух, в представлении ниндзя, являлся связующим элементом между сознанием и физическим телом.

Аджна находится на уровне межбровной складки и связана с гипофизом и шишковидной железой через нервные окончания в основании носа. В активизированном состоянии она повышает способность самоконтроля и концентрации, дает возможность установления прямой связи со свободной космической энергией, что позволяет достигнуть повышенного состояния сознания, формировать и качественно изменять восприятие Реальности.

Концепция гармонии в учении ки-ай строилась на противостоянии и взаимодействии двух полярных первоначал ИН и ЙО (кит. Инь и Ян). Категорию Ин можно охарактеризовать следующими понятиями: мягкость, темнота, холод, пассивность, упадок, женское начало. Йо представляется как твердость, свет, тепло, активность, подъем, мужское начало. Гармоничное состояние характеризуется равновесием этих начал.

Концепция Ин и Йо является вселенской, и силы Космоса реагируют на изменение одних факторов изменением других. Нарушение гармонии вызывает энергетическое напряжение, которое стремится к восстановлению равновесия.