Физическая подготовка начиналась с младенчества. Люльку с ребенком раскачивали так, что бы она ударялась об стенку. Ребенок постепенно привыкал группироваться при ударах и отталкиваться от стены. Чуть позже ребенка сажали на землю и катили на него мягкий, но довольно тяжелый шар. Ребенок отталкивал его от себя и тем самым учился ставить блоки.

В полгода будущий ниндзя начинал учиться плавать - раньше чем ходить.

Для развития вестибулярного аппарата и мышц ребенка раскручивали в разных плоскостях.

Дети от двух лет играли в игры, требующие быстроту реакции. С трех лет начинали делать специальный укрепляющий массаж и учили дыхательным упражнениям, схожими с китайским цигуном.

С возрастом подготовка все более усложнялась. Как только ребенок начинал более - менее чувствовать себя устойчиво на земле и в воде его учили равновесию. На бревне, укрепленном над землей, ребенок разучивал простейшие гимнастические упражнения. Постепенно бревно поднимали все выше, одновременно уменьшая его диаметр, а упражнения усложнялись. Позже бревно заменяли сначала тонкой жердью, а потом веревкой.

Также отрабатывались приемы лазанья по деревьям, прыжки с веток на ветку. Большое внимание уделялось прыжкам в высоту и с высоты. Существовало много способов прыжка в высоту, но предпочтение отдавалось прыжку "перекатом", с сальто или без него, с разгона или с места. Дети начинали прыгать через колючий кустарник, использовать затупленное оружие, которое позже заменялось на настоящее. Отрабатывались прыжки с шестами через рвы и ямы.

Особое место в тренировках будущих ниндзя занимало развитие силы и выносливости. Ребенка подвешивали за руки на большой высоте на дереве. Он должен был не пользуясь ногами провисеть какое-то время на ветке, а затем самостоятельно спуститься на землю. Постепенно время висения на ветке увеличивалось до часа. Также практиковалось поднятие тяжестей, хождение на руках и т.д.

Бег на различные дистанции также входил в обучение ниндзя. С 10-12 лет ребенок должен был пробегать в день не менее 20-30 километров почти без остановок. На экзаменах применялась соломенная шляпа - на старте она прижималась к груди и во время бега до самого финиша она не должна была упасть, прижатая встречным потоком воздуха. Также практиковался бег с препятствиями - через ловушки, капканы, барьеры, веревки и ямы.

Обучали также различным способам ходьбы. В зависимости от обстоятельств ниндзя использовал разные способы перемещения: "крадущийся шаг" - мягкое, бесшумное перекатывание с пятки на носок; "скользящий шаг" - перемещение дугообразными движениями стопы; "уплотненный" шаг - перемещение по прямой, носок вплотную прижат к пятке; "прыжковый шаг" - мощные толчки ногами; "односторонний шаг" - прыжки на одной ноге; "большой шаг" - нормальный широкий шаг; "малый шаг" - передвижение по принципу "спортивной ходьбы"; "врезка лунок" - ходьба на носках или на пятках; "ходьба вразбивку" - зигзагообразные движения; "обычный шаг"; "ходьба боком" - перемещение "приставным шагом" или спиной, чтобы запутать следами преследователей.

Ниндзя с детского возраста учился лазить по скалам. Эти навыки в дальнейшем должны были помочь ниндзя взбираться на стены крепостей и монастырей.

Также для будущего разведчика считалось необходимым владеть в совершенстве верховой ездой. То, что в наше время показывают на выступлениях в цирках "казаки" и "джигиты" немного похоже на то, чем владели ниндзя. Ниндзя был должен уметь помимо обычных скачек с препятствиями и стрельбой из лука на полном ходу выполнять различные акробатические трюки: ездить под брюхом коня или свесившись на один бок, чтобы стрелы противников не достали его; вскакивать на мчавшуюся лошадь; на всем скаку падать из седла, свешиваться на стременах и волочиться по земле, притворяясь убитым; перескакивать с лошади на лошадь, при этом предварительно вышибив ногой из седла хозяина лошади.

С четырех - пяти лет детей начинали обучать борьбе без и с оружием. Кроме этого детей подвергали весьма болезненным процедурам расчленения суставов. Это позволяло в будущем ниндзя по собственному желанию "вынуть" сустав из суставной сумки, что давало ему возможность пролезть в узкое отверстие или освободиться от пут. А в фехтовании это позволяло увеличить на несколько сантиметров длину удара.

Для ослабления восприимчивости к боли, ниндзя с юных лет делали специальный массаж, в который входили сильные удары, болезненные щипки и т. д. Чуть позже для массажа начинали использовать граненую палку. Со временем ниндзя становился малочувствительным к боли.

Применяли и общее закаливание организма. Детей заставляли ходить в любую погоду нагишом, часами сидеть в холодной воде, ночевать в снегу, подолгу обходиться без пищи и воды.

Так как у ниндзя большинство операций проходили ночью, они с детства развивали в себе способность видеть в темноте. Для этого они регулярно помещали детей в темные пещеры. Со временем острота зрения и способность видеть ночью у детей развивалась до феноменальных пределов - они могли видеть в полной темноте.

Шпионам бывает необходимо не похитить документ - а узнать и передать его содержание заказчику операции. Так как времени переписывать документ или карту обычно не бывает, ниндзя были вынуждены развивать зрительную память. Обычно детям показывали на короткое время рисунок или несколько предметов, а дети должны были как можно точнее воспроизвести рисунок или перечислить все увиденные предметы. Со временем рисунки усложнялись, а количество предметов увеличивалось. После нескольких лет таких упражнении ниндзя мог запомнить десяток страниц текста после одного прочтения, запомнить во всех деталях сложную карту.

Слух, обоняние и осязание часто помогали ниндзя выполнять задания и оставаться в живых при этом. Слух помогал услышать и вычислить расположение врага в лесу. По звуку камня, брошенного в ров, он мог определить глубину рва и уровень воды в нем. По звону оружия определял вид оружия, по свисту стрелы - дистанцию до лучника. Часто ниндзя, не имея возможности видеть противника, "чувствовал" его, что помогало ему избегать ловушек. И это не все, чему обучались ниндзя.

В процессе обучения ниндзя изучали медицину, лечебные травы и акупрессуру для залечивания травм.

Физическая подготовка ниндзя длилась примерно до пятнадцати лет. Пройдя довольно жесткое испытание и став полноправным членом клана, ниндзя переходил от психофизическому тренингу к учению монахов - ямабуси дзэн - буддизма и йоги.

Так, в пятнадцать лет, ниндзя был уже подготовленным диверсантом и шпионом с большим потенциалом выживания.